Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2019 Tentang Statuta Institut Agama Islam Negeri Kudus pada Pasal 3 dan Pasal 4 disebutkan bahwa:

"Visi Institut menjadi perguruan tinggi Islam unggul di bidang pengembangan ilmu Islam Terapan"

"Misi Institut menyelenggarakan tridharma perguruan tinggi untuk menghasilkan sarjana dengan keilmuan Islam yang humanis, aplikatif, dan produktif."

Maka, untuk mendukung visi dan misi Institut Agama Islam Negeri Kudus dirumuskan "Visi dan Misi" SPI IAIN Kudus sebagai berikut:

Visi SPI

Menjadi Satuan Pengawasan Internal yang profesional dan terpercaya dalam mendukung tata kelola Institut yang unggul, akuntabel, dan berintegritas.

Misi SPI

• Melaksanakan pengawasan internal yang independen dan objektif terhadap tata kelola non-akademik Institusi sesuai prinsip akuntabilitas, transparansi, dan efisien.
• Mendukung pelaksanaan tridharma perguruan tinggi melalui fungsi pengawasan yang memastikan terselenggaranya layanan administratif dan keuangan yang efektif dan produktif.
• Mengembangkan sistem pengendalian internal yang proaktif dan adaptif guna menciptakan lingkungan kerja yang humanis, islami, dan bebas dari penyimpangan.
• Mendorong budaya integritas dan kepatuhan terhadap regulasi untuk menciptakan institusi yang bersih dan berdaya saing.