Struktur Organisasi Satuan Pengawasan Internal

Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 25 Tahun 2017 Tentang Satuan Pengawasan Internal Pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri di Pasal 7 disebutkan bahwa Organ SPI paling sedikit terdiri atas :

1. Kepala;
2. Sekretaris; dan
3. Anggota (Jumlahnya disesuaikan dengan kebutuhan). 

Struktur organisasi Satuan Pengawasan Internal Universitas Islam Negeri Sunan Kudus masa jabatan 2022-2026 adalah sebagai berikut:
Kepala SPI         : Hj. Ida Vera Sophya, M.Pd
Sekretaris SPI    : Dwi Sulistiono, S.E
Anggota              : 

1. Dr. Eni Kusrini, M.E
2. Ratna Ningsih, S.E
3. Siti Mariam, S.Akun
4. Dwi Hilda Aditya, S.Akun 
5. Cahaya Abdillah, S.Akun

Regulasi:

1. Surat Keputusan Rektor Institut Agama Islam Negeri Kudus Nomor 656 Tahun 2022 Tentang Pengangkatan Kepala Satuan Pengawasan Internal Institut Agama Islam Negeri Kudus Masa Jabatan 2022-2026.
2. Surat Keputusan Rektor Institut Agama Islam Negeri Kudus Nomor 716 Tahun 2022 Tentang Pengangkatan Sekretaris Satuan Pengawasan Internal Institut Agama Islam Negeri Kudus Masa Jabatan 2022-2026.