Pada 12 Maret 2018 Ketua STAIN Kudus mengangkat kepala SPI pertama beserta sekretarisnya. Primi Rohimi sebagai kepala SPI diangkat dengan SK No. B-4062/Sti.05/KP.07.6/03/2018. Kepala SPI ini bertugas untuk masa periode 2018 - 2022. Ini sesuai dengan PMA No. 25 tahun 2017 tentang SPI. Keberadaan SPI ini menunjukkan itikad pimpinan STAIN Kudus yang ingin mewujudkan tata kelola lembaga negara yang akuntabel.